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diff --git a/sci-biology/cbcanalyzer/metadata.xml b/sci-biology/cbcanalyzer/metadata.xml deleted file mode 100644 index a24885e7c24c..000000000000 --- a/sci-biology/cbcanalyzer/metadata.xml +++ /dev/null @@ -1,27 +0,0 @@ -<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> -<!DOCTYPE pkgmetadata SYSTEM "http://www.gentoo.org/dtd/metadata.dtd"> -<pkgmetadata> - <herd>sci-biology</herd> - <longdescription lang="en" > - CBCAnalyzer reads several CT-file formats (ct, RNAviz ct or Mac ct), - and generates a so called ``bracket-dot-bracket'' format that typically - is used as input for other tools such as RNAforester, RNAmovie or - MARNA. The latter one creates a multiple alignment based on primary - sequences and secondary structures that now can be used as input for - CBCDetect. CBCAnalyzer counts compensatory base changes in all against all - of the aligned sequences. - The count (distance) matrix obtained by CBCDetect is used as input - for CBCTree that reconstructs a phylogram by using the algorithm of BIONJ. - </longdescription> - <longdescription lang="de" > - CBCAnalyzer liest unterschiedliche CT-Format (ct, RNAviz ct oder Mac ct), - und generiert daraus ein sogenanntes ``Klammer-Punkt-Klammer'' Format, dass - normalerweise als Eingabe für Programme wie RNAforester, RNAmovie oder - MARNA dient. Letzteres erzeugt ein multiples Aligment primaer basierend auf der - Sequenz und sekundär basierend auf der Struktur, dies als Eingabe für - CBCDetect verwendet werden. CBCAnalyzer zählt dann kompensierende - Basiswechsel in allen Sequenzen. - Diese Zähl oder Distanzmatrix aus CBCDetect wird als Eingabe für CBCTree - verwendet, um ein Phylogram mit Hilfe des BIONJ-Algorithmus zu erzeugen. - </longdescription> -</pkgmetadata> |